Ammoniak entsteht als Abbauprodukt aus Kot und Urin, und zwar insbesondere bei verschmutzten, feuchten und eingestreuten Böden. Je sauberer und trockener die Buchten, z. B. durch eine Perforation des Bodens sind, desto geringer sind die Ammoniak-Emissionen. Ammoniak entweicht auch aus Gülle-Lagerbehältern. Daher wird zunehmend eine Abdeckung der Behälter mit nattürlichen oder künstlichen Schwimmschichten aus bspw. Häckselstroh oder Perliteschüttungen vorgenommen. Das Versprühen von Gülle führt ebenfalls zur Ammoniakbildung. Zur Minimierung dieser Emission erfolgt verstärkt eine bodennahe Ausbringung der Gülle, z.B. mit Schleppschläuchen oder durch Injektion in den Boden mit Spezialgeräten.